La Sociedad Venezolana de Fitopatología surge como una necesidad de reunir a los fitopatólogos de toda la geografía del país y dar a conocer las contribuciones científicas y tecnológicas en tan importante disciplina. Uno de los pioneros de esta idea fue el Dr. Gino Malaguti, quien además propuso la edición de una revista donde los investigadores publicaran resultados de sus trabajos y que éstos fueran conocidos por los productores del campo. Sin embargo, fue en la 5ta Reunión Anual de la Sociedad Americana de Fitopatología (APS) División del Caribe, cuando Malaguti auspició y promovió la creación de la Sociedad Venezolana de Fitopatología. Esta reunión fue considerada como el Primer Seminario de esta Sociedad.Posteriormente, el 20 de septiembre de 1971, se realizó en Maracay el Segundo Seminario, en el cual se aprobó el acta constitutiva y los estatutos, y se constituyó la primera Junta Directiva, quedando integrado por: José Agustín González (Presidente), Carlos Díaz Polanco (Vicepresidente), Miguel Asdrúbal Arcia (Secretario), Alfonso Ordosgoitti (Tesorero) y Orlando Aponte (Vocal). Para ese entonces la Sociedad contaba con 25 miembros. Durante ese mes se realizó la primera reunión de la Junta Directiva, donde se decide emitir el Primer Boletín Informativo, allí se publicarían los trabajos presentados en el Segundo Seminario, además de la información sobre el acontecer fitopatológico nacional e internacional, y se editaría trimestralmente. Se acordó también sacar a concurso el diseño del logotipo que identificaría a la Sociedad Venezolana de Fitopatología.En 1987 cristaliza la idea expresada por el Dr. Malaguti en 1966, de crear una revista que mantuviera a los investigadores y a productores del campo informados de las investigaciones fitopatológicas realizadas en el país, al fundarse la revista “Fitopatología Venezolana”, estando el primer comité editor constituido por Eduardo Debrot como presidente, siendo los otros miembros: Claudio Mazzani, Orangel Borges, Ninoska Pons y Luis José Subero. Esta revista goza actualmente de prestigio nacional e internacional, por su calidad y puntualidad en su edición.

La Sociedad desde su fundación ha realizado sus reuniones bianuales sin interrupción, llamándose inicialmente Seminarios, pero a partir de 1991, y debido al número y calidad de los trabajos presentados por sus miembros, se decidió denominarlos Congresos, nombre con el cual se conoce en la actualidad.